NỘI DUNG MỚI LIÊN QUAN ĐẾN KHAI THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG THEO THÔNG TƯ SỐ 89/2026/TT-BTC CỦA BỘ TÀI CHÍNH QUY ĐỊNH CHI TIẾT LUẬT QUẢN LÝ THUẾ VÀ NGHỊ ĐỊNH 252/2026/NĐ-CP VỀ QUẢN LÝ THUẾ 

Ngày 30/06/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC (TT 89) hướng dẫn Luật Quản lý thuế 2025 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP (NĐ252) về quản lý thuế. Sau đó, đến ngày 10/08/2026, Cục Thuế cũng đã ban hành Công văn số 5746/CT-CS giới thiệu nội dung mới tại TT 89. Theo đó, chúng tôi xin điểm một số nội dung mới đáng chú ý tại TT89 liên quan đến kê khai thuế GTGT như sau:  

1. Về kỳ tính thuế 

• Sửa đổi quy định khai thuế theo tháng/quý đối với người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh theo hướng: “trường hợp doanh thu năm dương lịch mới bắt đầu hoạt động, kinh doanh trên 50 tỷ đồng (bao gồm cả trường hợp hoạt động, kinh doanh không đủ 12 tháng) thì người nộp thuế kê khai theo tháng kể từ năm dương lịch liền kề tiếp theo năm mới hoạt động, kinh doanh”. (Trước đây, người nộp thuế mới bắt đầu hoạt động kinh doanh được lựa chọn kê khai thuế GTGT theo quý; sau khi hoạt động đủ 12 tháng thì căn cứ doanh thu của năm dương lịch trước liền kề để xác định kỳ khai thuế theo tháng hoặc theo quý.) 

• Bổ sung quy định về việc cơ quan thuế ban hành thông báo tiếp nhận hoặc không tiếp nhận Văn bản đề nghị thay đổi kỳ tính thuế từ tháng sang quý gửi người nộp thuế. Hệ thống thông tin quản lý thuế cung cấp thông tin về kỳ tính thuế cho người nộp thuế. 

• Sửa đổi, bổ sung quy định: “Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện không đủ điều kiện khai thuế theo quý hoặc cơ quan thuế phát hiện người nộp thuế không đủ điều kiện khai thuế theo quý thì người nộp thuế thực hiện khai thuế theo tháng kể từ tháng đầu của quý tiếp theo, nộp lại hồ sơ khai thuế GTGT theo tháng của các quý trước đó và xác định, nộp tiền chậm nộp theo quy định (trừ trường hợp hồ sơ khai thuế theo quý cơ quan thuế đã ban hành quyết định hoàn thuế hoặc do cơ quan thuế phát hiện qua kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. (Bổ sung loại trừ trường hợp hồ sơ khai thuế theo quý cơ quan thuế đã ban hành quyết định hoàn thuế). 

• Bổ sung trường hợp khai thuế GTGT theo từng lần phát sinh đối với: “Thuế GTGT của người nộp thuế thuộc các trường hợp đề nghị cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh theo quy định của pháp luật về hóa đơn điện tử”. 

• Bổ sung trường hợp khai thuế theo từng lần phát sinh đối với các trường hợp: tổ chức bán đấu giá, bên nhận bảo đảm, cơ quan thi hành án thuộc trường hợp khấu trừ, khai thuế thay, nộp thuế thay theo quy định tại điểm c khoản 1 và điểm c, d, k khoản 2 Điều 22 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, trường hợp người nộp thuế trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng. Đồng thời, bổ sung trường hợp trong tháng phát sinh nhiều lần thì được khai theo tháng để cắt giảm thủ tục hành chính do hoạt đọng bán đầu giá/thi hành án có thể phát sinh nhiều giao dịch trong cùng tháng.  

 2. Về cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế  

• Sửa đổi quy định rõ: “Người nộp thuế có dự án đầu tư thuộc trường hợp hoàn thuế GTGT theo quy định pháp luật về thuế GTGT và có nhu cầu hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư thì khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp.” (Trước đây, quy định: “Người nộp thuế đang hoạt động có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế GTGT thì phải lập hồ sơ khai thuế GTGT riêng cho từng dự án đầu tư”). 

• Bổ sung quy định: “Trường hợp người nộp thuế do Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử quản lý có dự án đầu tư thì nộp hồ sơ khai thuế đối với dự án đầu tư cho Thuế tỉnh nơi có dự án đầu tư”. 

• Sửa đổi quy định cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh, cụ thể: 

+   Trường hợp có thành lập hoặc giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới nộp hồ sơ khai thuế GTGT của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới. 

+   Trường hợp không thành lập hoặc không giao Ban quản lý dự án, chi nhánh, tổ chức kinh tế mới trực tiếp thực hiện, quản lý dự án đầu tư thì người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế GTGT của dự án đầu tư cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp. 

(Trước đây, theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP thì địa điểm nộp hồ sơ khai thuế GTGT của dự án đầu tư khác tỉnh với nơi người nộp thuế (chủ dự án đầu tư) đóng trụ sở chính (bao gồm cả dự án đầu tư thực hiện trên nhiều địa bàn tỉnh) tại nơi có dự án đầu tư). 

• Bổ sung quy định khai thuế riêng đối với trường hợp người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc tại đơn vị hành chính cấp tỉnh cùng nơi đóng trụ sở chính: “Nếu đơn vị phụ thuộc có con dấu, có tài khoản ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, sử dụng hóa đơn của đơn vị phụ thuộc đăng ký với cơ quan thuế quản lý đơn vị phụ thuộc, theo  dõi hạch toán đầy đủ thuế GTGT đầu ra, đầu vào và có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng thì đơn vị phụ thuộc khai thuế, nộp thuế GTGT tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị phụ thuộc.” 

• Bổ sung quy định cơ quan thuế tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế GTGt của tổ chức khấu trừ, nộp thay số thuế đã khấu trừ và tổ chức khai thuế thay, nộp thay thuế theo quy định tại điểm c khoản 1 và các điểm c.1, d và điểm k khoản 2 Điều 22 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP: Đối với tài sản bảo đảm là bất động sản là cơ quan thuế nơi có bất động sản chuyển nhượng; Đối với tài sản bảo đảm là tài sản khác là cơ quan thuế quản lý trực tiếp cơ quan, tổ chức bán tài sản bảo đảm.

3. Về hồ sơ khai thuế:  

• Bổ sung quy định về nộp hồ sơ khai thuế GTGT riêng đối với tổ chức bán đấu giá, bên nhận bảo đảm, cơ quan thi hành án thuộc trường hợp khấu trừ, khai thuế thay, nộp thuế thay theo quy định tại điểm c khoản 1 và điểm c, d, k khoản 2 Điều 22 NĐ 252. 

• Bổ sung quy định “trường hợp dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư có phát sinh doanh thu chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, doanh thu thanh lý nguyên vật liệu thì kê khai doanh thu phát sinh này vào tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT và phải bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư trên tờ khai thuế mẫu số 02/GTGt với số thuế phát sinh trên tờ khai thuế mẫu số 01/GTGT”. 

• Bổ sung quy định về khai thuế GTGT đối với hoạt động đại lý.

TT 89 và NĐ 252 có hiệu lực kể từ ngày 01/07/2026.